세무소송

기업이 겪을 수 있는 주요 세무 리스크는 다음과 같습니다.

① 법인세 신고 오류 및 과소신고
자산 평가오류, 특수관계자 거래누락, 기부금 한도 초과, 비용누락으로 인한 법인세 과소신고는 가산세 부과와 세무조사로 이어질 수 있습니다.

② 부가가치세 과세
영세율 적용 오류, 매입세액 공제 부적격, 매출 누락 등이 확인되면 세액 추징과 가산세 부과로 이어집니다.

거짓 세금계산서 수수와 같이 조세범처벌법이 정한 요건에 해당하는 경우에는 고발이나 통고처분으로 이어질 수 있으나, 신고 오류가 곧바로 형사 문제가 되는 것은 아닙니다.

③ 원천징수 불이행
급여, 용역 대가, 배당금 지급 시 원천징수를 누락하면 원천징수의무자인 법인이 세액과 가산세를 부담하게 됩니다.

고의로 징수하지 않거나 납부하지 않은 경우처럼 법이 정한 요건을 갖춘 때에 한하여 형사책임이 문제되며, 비거주자나 외국법인에 대한 지급이라면 조세조약 적용 여부가 함께 쟁점이 됩니다.

④ 국제거래와 이전가격

국외특수관계인과의 거래가격이 정상가격과 다르다고 판단되면 과세관청이 이를 조정해 과세할 수 있습니다.

국제거래명세서 등 자료 제출 의무를 이행하지 않으면 과태료가 부과되며, 이 경우에도 과징금이 부과되는 것은 아닙니다.

⑤ 세무조사 대응 미흡

세무조사 과정에서 자료 제출과 소명이 충분히 이루어지지 않으면 과세관청의 판단만으로 처분이 이루어질 수 있고, 뒤늦게 불복 단계에서 자료를 내더라도 이미 형성된 사실관계를 뒤집기가 어려워집니다.

과세처분 취소소송이란 과세당국이 기업에 대해 법인세, 부가가치세, 원천세 등 세금을 부과했을 때 해당 처분이 위법하다고 판단되면 이를 법원에 다투는 소송입니다.

예를 들어 세무조사 과정에서 기업의 매출을 과도하게 추정해 과세하거나 비용으로 처리 가능한 항목을 부인하여 세액을 부풀려 부과하는 경우가 이에 해당합니다.

이 소송에서는 과세의 근거가 되는 세무조사 과정, 과세표준 산정방식, 과세 근거자료가 법률 및 세법상 적법했는지를 다투게 됩니다.

기업으로서는 처분 취소 시 이미 납부한 세금을 환급받거나 미납 세금 부담에서 벗어날 수 있습니다.

절차의 순서와 기간은 다음과 같습니다.

국세의 경우 심사청구 또는 심판청구를 거치지 않으면 행정소송을 제기할 수 없는 필요적 전치주의가 적용되므로, 이 순서를 지키지 않으면 소가 각하됩니다.

기간과 관련해 특히 유의할 점이 있습니다.

행정소송의 제소기간은 처분을 통지받은 날이 아니라 불복 결정을 통지받은 날을 기준으로 진행되며, 이 기간은 불변기간이어서 연장되지 않습니다.

반대로 전심절차를 거치지 않고 곧바로 소를 제기하면 본안 판단을 받지 못합니다. 지방세는 지방세기본법에 별도의 불복 절차가 마련되어 있으므로 국세와 구분해 확인해야 합니다.

이미 낸 세금을 돌려받는 경로는 상황에 따라 다릅니다.

신고한 세액이 과다했던 경우에는 불복이 아니라 경정청구를 하게 됩니다.

법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 청구할 수 있고, 판결에 의해 거래가 다른 것으로 확정되는 등 후발적 사유가 생긴 경우에는 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 청구할 수 있습니다.

과세관청이 경정을 거부하면 그 거부처분을 대상으로 불복 절차를 밟게 됩니다.

반면 부당이득반환청구는 과세처분이 취소되어 확정되었거나 그 하자가 중대하고 명백하여 당연무효인 경우에 실익이 있습니다.

과세처분이 유효하게 존재하는 동안에는 납부한 세액을 법률상 원인 없는 이득으로 보기 어렵기 때문입니다.

따라서 처분의 하자가 취소 사유에 그치는지 무효 사유에 이르는지를 먼저 판단해야 하며, 이 판단에 따라 취소소송과 민사소송 중 어느 절차를 택할지가 달라집니다.

환급이 이루어지는 경우에는 국세환급금에 더해 법정 기간과 이율에 따라 계산한 국세환급가산금이 함께 지급됩니다.

세무당국이 세금 부과 외에도 기업의 조세법 위반행위에 대해 과징금을 부과할 수 있는데 이 과징금 처분의 위법성을 다투는 소송입니다.

예컨대 기업이 이전가격 세법 위반이나, 원천세 미징수 등의 이유로 과징금을 부과 받았을 경우 그 산정방식의 위법성, 절차상 하자, 비례원칙 위반 여부 등을 주장해 법원에 과징금 처분 취소를 구하는 절차입니다.

이 소송에서는 과징금의 법적 근거와 산출 내역, 행정절차의 적법성이 쟁점이 됩니다.

행정소송을 제기하기 전 조세심판원에 과세처분의 취소 또는 변경을 구하는 행정심판 절차입니다.

처분이 있음을 안 날부터 90일 이내에 청구할 수 있으며 심판 결과에 따라 세액이 감액되거나 처분이 취소될 수 있습니다.

행정소송보다 절차가 신속하고 비용 부담이 적으며, 국세의 경우 심사청구나 심판청구를 거치는 것이 소송의 전제가 되므로 이 단계에서 주장과 자료를 정리해 두는 것이 이후 소송에도 영향을 미칩니다.

심판 단계에서 제출한 서면과 자료는 이후 행정소송의 기초가 됩니다.

이 단계를 형식적으로 넘기고 소송에서 본격적으로 다투겠다는 접근이 실효를 거두기 어려운 이유입니다.

과세의 근거가 된 법률 자체가 헌법에 어긋난다고 판단되는 경우에는 그 위헌 여부를 다툴 수 있습니다.

다만 과세처분을 직접 대상으로 헌법소원을 제기하는 것은 다른 구제 절차를 거쳐야 한다는 원칙 때문에 받아들여지기 어렵고, 실무에서는 과세처분 취소소송을 진행하면서 법원에 위헌법률심판제청을 신청하는 방식이 일반적입니다.

신청이 받아들여지면 법원이 헌법재판소에 위헌 여부의 심판을 제청하고, 기각되면 그 결정을 통지받은 날부터 정해진 기간 안에 헌법재판소에 직접 헌법소원을 청구할 수 있습니다.

위헌 결정의 효과도 정확히 이해할 필요가 있습니다. 위헌으로 결정된 법률 조항은 그 결정이 있는 날부터 효력을 잃으며, 형벌 조항이 아닌 한 소급하여 효력을 잃지는 않습니다.

또한 위헌 결정이 있더라도 이미 불복 기간이 지나 확정된 과세처분이 당연히 취소되는 것은 아니므로, 위헌 주장을 검토하는 경우에도 불복 기간은 별도로 관리해야 합니다.

세무소송 핵심 법률 포인트를 확인하시고 기업의 세무소송 리스크에 확실하게 대응하시기 바랍니다.

세무 분쟁은 단계마다 활용할 수 있는 수단이 다르고, 한 번 기간을 놓치면 되돌리기 어렵습니다.

대한민국 9위 로펌 법무법인 대륜(2025년 국세청 부가가치세 신고 기준) 각 단계에서 다음과 같이 조력합니다.

▶ 세무조사 단계

· 조사 통지와 범위, 중복조사 해당 여부 등 절차의 적법성 검토

· 자료 제출 범위와 소명 방향의 정리, 조사 입회

· 확인서와 진술 내용이 사실관계와 어긋나지 않도록 하는 검토

· 과세전적부심사 청구 여부의 판단과 청구서 작성

▶ 불복 단계

· 이의신청, 심사청구, 심판청구 중 어느 절차를 택할지에 관한 검토

· 처분의 법적 근거와 과세표준·세액 산정의 적법성 분석

· 처분사유에 대한 반박 논리 구성과 증빙자료의 정리

· 심판청구서 등 서면 작성과 의견 진술

▶ 소송 단계

· 전심절차 이행 여부와 제소기간의 확인

· 과세처분 취소소송, 경정거부처분 취소소송의 수행

· 처분의 하자가 무효 사유에 이르는 경우 부당이득반환청구의 검토

· 근거 법률의 위헌 여부에 관한 주장과 위헌법률심판제청 신청

▶ 연계 사안

· 조세범칙조사나 고발로 이어진 경우의 형사 절차 대응

· 체납처분과 압류에 대한 대응

· 국제거래와 이전가격 관련 과세의 검토

· 과세 결과가 회계처리나 거래 구조에 미치는 영향의 검토

세무조사를 받고 있거나 과세처분에 대한 대응이 필요하다면 기업변호사 법률상담예약을 통해 구체적인 방안을 확인하시기 바랍니다.